2014年，國家外匯管理局和國家質量監督檢驗檢疫總局聯合修訂印發了《特殊機構代碼賦碼業務操作規程》，具體規定了特殊機構代碼的申領程序。
    其一，對于屬于軍隊、武警的境內機構、境外機構或駐華使領館和國際組織駐華機構的，應當按以下流程辦理特殊機構代碼：
   （1）該機構應當向銀行出具包含其準確、完整、規范名稱的有效證明或其主管部門的批文或證明，銀行應當審核該申領機構的名稱，確保該機構名稱與開戶檔案資料中的名稱或預留印鑒一致，并永久留存該機構出具的有效證明或批文的復印件或電子掃描件。銀行應填寫《申領表》，并將加蓋公章或業務章的紙質申領表連同申領機構有效證明文件提交所在地外匯局分局、支局。
   （2）外匯局分局/支局通過賦碼系統向全國組織機構代碼管理中心申領特殊機構代碼并將賦碼情況通知相應的銀行。
    其二，對于組織機構代碼證已經失效的境內機構、無組織機構代碼證且不屬于軍隊、武警的境內機構，除提供上述有效證明文件外，還應當按照以下業務操作流程辦理特殊機構代碼：
   （1）辦理外匯業務的銀行應填寫“特殊機構代碼申領協辦單”中的“銀行填寫”欄，并要求該機構自行填寫“機構填寫”欄后，前往當地質量技術監督部門的代碼工作機構辦理代碼證。
   （2）如果經當地質量技術監督部門的代碼工作機構核實，該機構屬于其賦碼范圍，則該機構應按規定申領組織機構代碼；如果不屬于其賦碼范圍，則當地質量技術監督部門的代碼工作機構應填寫協辦單中的“代碼管理中心意見”欄，并通知該機構憑該協辦單前往所在地外匯局分局/支局辦理特殊機構代碼。
   （3）外匯局分局／支局收到協辦單后，通過賦碼系統向全國組織機構代碼管理中心申領特殊機構代碼，并將特殊機構代碼的賦碼情況通知相應的銀行。
    法規依據：
   《國家外匯管理局  國家質量監督檢驗檢疫總局關于修訂印發<特殊機構代碼賦碼業務操作規程>的通知》（匯發［2014］16號）