國家外匯管理局新疆維吾爾自治區分局位于新疆維吾爾自治區首府——烏魯木齊市。國家外匯管理局新疆維吾爾自治區分局下設三個處室，分別是國際收支處、外匯管理處和外匯檢查處。下設14個分局，分別是伊犁州、阿勒泰地區、塔城地區、博州、克拉瑪依市、石河子市、昌吉州、吐魯番市、哈密市、巴州、阿克蘇地區、克州、喀什地區、和田地區分局。